Sejarah berdirinya Sekolah Tinggi Agama Islam Tapanuli (STAITA) Padangsidimpuan berawal dari prakarsa dan perjuangan Syeikh Ali Hasan Ahmad Addary bersama para ulama serta tokoh masyarakat Nahdlatul Ulama di wilayah Tapanuli. Tokoh-tokoh yang terlibat dalam perjuangan tersebut antara lain KH. Zubeir Ahmad, Syeikh Usman Ridwan Hasibuan, Syeikh Dja’far A. Wahab, Syeikh Abdul Halim Khatib, Syeikh Dja’far A. Kadir, Syeikh Baharuddin Thalib Lubis, Syeikh Mukhtar Muda Nasution, Syeikh Ahmad Daud, Syeikh Zainal Abidin Daulay, Ismail Daulay, Syamsuddin Daulay, Muktar Siddiq, Mhd. Dahlan Hasibuan, Yusuf Tk., Hariro Siregar, serta tokoh-tokoh masyarakat lainnya. Perjuangan mereka dilandasi oleh kebutuhan akan hadirnya lembaga pendidikan tinggi keagamaan Islam yang dapat menjadi pusat pengembangan intelektual umat Islam, khususnya warga Nahdliyin di Tapanuli Selatan dan Sumatera Utara.
Secara kelembagaan, embrio STAITA berada pada Yayasan Perguruan Tinggi Nahdlatul Ulama yang berdiri di Padangsidimpuan pada 20 Januari 1962, kemudian dilegalisasi oleh Pengadilan Negeri Padangsidimpuan pada 22 Januari 1962, serta diaktakan oleh Notaris Roesli dengan Akta Nomor 211 tanggal 27 Januari 1962. Dalam perkembangan selanjutnya, yayasan ini dikenal sebagai Yayasan Ibnu Syekh Ahmad Zein, yang menjadi badan penyelenggara lembaga pendidikan tinggi Islam tersebut
Atas dasar semangat tersebut, pada tahun 1962 didirikan Perguruan Tinggi Nahdlatul Ulama (PERTINU) di Padangsidimpuan. Pada fase awal, lembaga ini mulai berkembang dengan pendirian Fakultas Syari’ah dan Fakultas Tarbiyah, kemudian disusul Fakultas Ushuluddin pada Oktober 1965. Fakultas Tarbiyah secara resmi mulai menyelenggarakan pendidikan dan menerima mahasiswa angkatan pertama pada tahun 1963 dengan jumlah 11 orang. Pendirian dan perkembangan awal PERTINU tidak terlepas dari dukungan masyarakat dan Pemerintah Kabupaten Tapanuli Selatan, yang pada masa itu masih mencakup wilayah yang kemudian dimekarkan menjadi Kabupaten Tapanuli Selatan, Kota Padangsidimpuan, Kabupaten Mandailing Natal, Kabupaten Padang Lawas Utara, dan Kabupaten Padang Lawas
Seiring berkembangnya kebutuhan kelembagaan dan keinginan memperluas cakupan pendidikan tinggi, pada tahun 1965 PERTINU bertransformasi menjadi Universitas Nahdlatul Ulama Sumatera Utara (UNUSU) berdasarkan SK Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 78 Tahun 1965. Pada masa ini, Syeikh Ali Hasan Ahmad Addary ditetapkan sebagai Rektor. Kehadiran UNUSU memiliki arti strategis, karena pada periode tersebut lembaga ini menjadi salah satu pelopor pendidikan tinggi Islam di tingkat provinsi Sumatera Utara. Di bawah naungan UNUSU, ketiga fakultas—Syari’ah, Tarbiyah, dan Ushuluddin—dikembangkan sebagai pusat kaderisasi intelektual dan ulama di daerah Tapanuli dan Sumatera Utara
Dalam perjalanan berikutnya, terjadi penataan kelembagaan sesuai dengan kebijakan pemerintah di bidang pendidikan tinggi keagamaan Islam. Berdasarkan SK Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 193 Tahun 1970, Fakultas Tarbiyah dan Fakultas Ushuluddin dinegerikan menjadi cabang IAIN Imam Bonjol Padangsidimpuan. Selanjutnya, Fakultas Tarbiyah berkembang menjadi Fakultas Tarbiyah IAIN Sumatera Utara di Padangsidimpuan yang kemudian bertransformasi menjadi STAIN Padangsidimpuan, sedangkan Fakultas Ushuluddin menjadi Fakultas Ushuluddin IAIN Sumatera Utara dan dipindahkan ke Medan. Dengan demikian, UNUSU selanjutnya tinggal mengelola Fakultas Syari’ah sebagai inti kelanjutan lembaga swasta Islam tersebut
Dalam rangka mempertahankan eksistensi dan memperkuat identitas kelembagaan, UNUSU yang tersisa kemudian mengalami beberapa kali penyesuaian nama dan bentuk. Pada tahap ini, lembaga tersebut pernah dikenal sebagai Sekolah Tinggi Ilmu Syariah Tapanuli (STISTA), dengan fokus pengembangan keilmuan Islam khususnya di bidang syariah dan studi keislaman. Fase ini menjadi masa konsolidasi akademik yang penting, karena institusi diarahkan untuk memperkuat mutu pendidikan, pembinaan karakter keislaman, dan keberlanjutan tradisi intelektual Islam di kawasan Tapanuli.
Sebagai bagian dari penguatan identitas kelembagaan, perluasan rumpun keilmuan, dan penyesuaian terhadap regulasi pendidikan tinggi keagamaan Islam di bawah Kementerian Agama, lembaga ini selanjutnya beralih status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Tapanuli (STAITA) Padangsidimpuan. Perubahan ini ditetapkan berdasarkan SK Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Nomor E/269/1997. Setelah itu, STAITA memperoleh pengakuan mutu melalui akreditasi BAN-PT berdasarkan SK Nomor 04044/Ak-1-III-021/SWGPBI/VIII/2000
Sebagai lembaga yang menjadi bagian penting dari sejarah pendidikan tinggi Islam di Sumatera Utara, STAITA Padangsidimpuan memiliki kedudukan yang sangat strategis. Institusi ini tidak hanya menjadi salah satu warisan perjuangan ulama dan tokoh masyarakat Nahdlatul Ulama di Tapanuli, tetapi juga menjadi cikal bakal bagi perkembangan lembaga-lembaga pendidikan tinggi Islam negeri di kawasan ini, termasuk IAIN Sumatera Utara di Medan dan IAIN Padangsidimpuan. Dalam perkembangannya, meskipun menghadapi berbagai keterbatasan sumber daya manusia, keuangan, dan sarana kelembagaan sebagai perguruan tinggi swasta di daerah, STAITA tetap berkomitmen menjalankan tridharma perguruan tinggi dengan berlandaskan nilai-nilai keislaman, moderasi beragama, dan kearifan lokal Tapanuli
Dengan demikian, sejarah berdirinya STAITA Tapanuli Padangsidimpuan mencerminkan perjalanan panjang perjuangan ulama, tokoh masyarakat, dan institusi pendidikan Islam di Tapanuli dalam membangun pusat pendidikan tinggi Islam yang berakar pada tradisi keilmuan, nilai-nilai Ahlussunnah wal Jama’ah, serta semangat pengabdian kepada umat, bangsa, dan daerah.